ההבדלים המרכזיים בין הגירסאות:

• סנכרון של המידע בענן – הגרסה החדשה מסתמכת יותר על שירותי ענן ופועלת במלואה גם באמצעות הדפדפן.
• רפרנסים שנשמרים לתוך התיקיות ב  Mendeley Reference Manager לא ישמרו אוטומטית בתור קבצים. ניתן להוריד את הקבצים אחד-אחד, באופן ידני.
• כלי חדש בשם Notebooks: הכלי מאפשר שמירת הערות בצורה מסודרת לפי נושאים ותתי נושאים, כולל שמירה של ציטוטים שסומנו במרקר על גבי מסמך ה PDF (באמצעות קורא המסמכים שבתוך התוכנה). זהו שדרוג של Notes, הכלי שמוכר לנו מהגרסה הקודמת.
• נכון להיום, אין אפשרות לאתר מסמכים כפולים בתוך Mendeley.

חשוב לציין שהגרסה החדשה (Mendeley Reference Manager) תחליף באופן גורף את הגרסה הקודמת (Mendeley Desktop) החל מספטמבר הקרוב ולכן מומלץ לעשות את המעבר בהקדם.

אין צורך להעביר מחדש את כל הקבצים או ליצור תיקיות חדשות: התוכן שעבדתם איתו ב Mendeley Desktop יעבור אוטומטית ל Mendeley Reference Manager כל עוד תתחברו עם אותם פרטי הזדהות (שם משתמש וסיסמה). למדריך המלא, לחצו כאן.